卫福部：
依严重特殊传染性肺炎中央流行疫情指挥中心109年6月24日肺中指字第1093700471号函，有关严重特殊传染性肺炎隔离及检疫期间防疫补偿办法第2条第2项规定之「领有居留证明文件」，系指非本国籍人士、大陆地区人民、香港或澳门居民，于入境后申请取得居留证，且其居留期间和检疫期间重叠者，得视为「领有居留证明文件」者。
依内政部移民署109年7月9日移署移字第1090070116号函略以，有关大陆地区人民、香港或澳门居民及无户籍国民之居留许可起始日，得以居留证之核发日期为准，如持居留证副本入国(境)换发正本，其起始日自入境日起算。
「……领取外侨居留证的新生,居留证核准是从"入境日"生效，但港澳新生居留证生效日都是做完体检+相关资料送移民署审查,所以居留证生效日非入境日为起算日……」一节，港澳新生倘已取得居留证，且其居留证之居留期间和检疫期间重叠，又无违反隔离或检疫相关规定，得请领防疫补偿。
移民署：
1.依据「香港澳门居民进入台湾地区及居留定居许可办法」第25条第1项后段规定，依第21条规定程序申请者，其有效期间，自台湾地区居留证或台湾地区居留入出境证核发之翌日起算。
2.因港澳新生必须于入境后，始可申请居留，现行作法由学校或学生至本署线上申办系统提交应备文件申请居留，审核通过后始核发居留证，依前述之规定，居留证之效期应自核发之翌日起算。
陆委会：尊重权责机关意见。