衛福部：
依嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心109年6月24日肺中指字第1093700471號函，有關嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法第2條第2項規定之「領有居留證明文件」，係指非本國籍人士、大陸地區人民、香港或澳門居民，於入境後申請取得居留證，且其居留期間和檢疫期間重疊者，得視為「領有居留證明文件」者。
依內政部移民署109年7月9日移署移字第1090070116號函略以，有關大陸地區人民、香港或澳門居民及無戶籍國民之居留許可起始日，得以居留證之核發日期為準，如持居留證副本入國(境)換發正本，其起始日自入境日起算。
「……領取外僑居留證的新生,居留證核准是從"入境日"生效，但港澳新生居留證生效日都是做完體檢+相關資料送移民署審查,所以居留證生效日非入境日為起算日……」一節，港澳新生倘已取得居留證，且其居留證之居留期間和檢疫期間重疊，又無違反隔離或檢疫相關規定，得請領防疫補償。
移民署：
1.依據「香港澳門居民進入臺灣地區及居留定居許可辦法」第25條第1項後段規定，依第21條規定程序申請者，其有效期間，自臺灣地區居留證或臺灣地區居留入出境證核發之翌日起算。
2.因港澳新生必須於入境後，始可申請居留，現行作法由學校或學生至本署線上申辦系統提交應備文件申請居留，審核通過後始核發居留證，依前述之規定，居留證之效期應自核發之翌日起算。
陸委會：尊重權責機關意見。